病管制署已針對出現有重症個案以及腸病毒71型的縣市劃為高風險區域，提醒民眾注意，分別是高雄市三民區、新北市的中和區、板橋區、淡水區，以及桃園市平鎮區、台中市大肚區、 雲林縣大埤鄉 、屏東縣內埔鄉。
5歲以下嬰幼兒為腸病毒重症高危險群，且重症病程發展快速，家中嬰幼兒經醫師診斷感染腸病毒時，請注意觀察是否出現重症前兆病徵，如發現有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力或麻痺、肌抽躍（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）、持續嘔吐與呼吸急促或心跳加快等腸病毒重症前兆病徵，請儘速送到大醫院接受治療。
大人小孩皆應注意個人手部衛生，特別是在「吃東西前、跟小寶寶玩前、擤鼻涕後、上廁所後以及看病前後」等時機，並落實「濕、搓、沖、捧、擦」正確洗手步驟。此外，嬰幼兒如經醫師診斷感染腸病毒時，應落實生病在家休息，應避免與其他幼兒接觸，以降低交叉感染的風險。